冷庫安裝后進行消毒有兩種方式，一種是對肉品已搬空的庫房，不升溫，在低溫條件下進行消毒。這種方法多在發生疫情時應用，經清除污物消毒后，間隔一段時間即可使用。二是將冷庫設備房內所存肉品全部搬空，升高溫度，清除地面、墻壁、頂板上的污物和排管上的冰霜，在有霉菌生長的地方，用刮刀或刷子仔細清除，然后進行消毒；用這種方法一般是定期進行。對于冷庫使用的消毒劑，不能使用劇毒和有氣味的化學藥品。接下來小編講解選擇什么藥品進行消毒呢？
（1）在低溫條件下應用的消毒藥品和方法：過氧乙酸：用過氧乙酸加33%的甲醇，具有較強的抗凍力，-35℃仍不結冰。消毒前測量庫房容積，并將庫內出空和冰霜打掃干凈。福爾馬林：每立方米用15-25毫升福爾馬林，加入用沸水稀釋成的10-20%高錳酸鉀液，置于鍋中，任其自然發熱蒸發。也可將定量的福爾馬林裝有密閉的鐵桶內放在庫外，在鐵桶上面接一橡皮管通至冷庫內，然后在鐵桶下面加熱，使福爾馬林蒸氣通過橡皮管進入冷庫內。
（2）在升高溫度條件下應用的消毒藥品和方法：漂白粉：用含0.3-0.4%活性氯酸鈉溶液加入2%炭酸鈉，在庫內噴灑。福爾馬林：用它發揮的蒸氣消毒組合冷庫房，有效濃度為每立方米1-3毫升，空氣相對濕度60-80%。一般在高溫庫中用8-12%的福爾馬林溶液噴霧消毒。乳酸：每立方米庫房空間用3-5%粗制乳酸，加水1-2倍，放在搪瓷盤內，置于酒精燈上加熱使之蒸發。在使用漂白粉、次氯酸鈉、福爾馬林、乳酸消毒后，應將冷庫門緊閉，使消毒藥作用一段時間。消毒完畢后打開庫門通風，以驅除消毒劑的氣味。如有福爾馬林消毒，在消毒后，可用一盆氨水放在庫內，用以吸收殘留的福爾馬林氣味。